Fræðslunefnd fer með málefni grunnskóla eftir því sem lög og reglugerðir ákveða og sveitastjórnir/rekstrarnefnd fela henni. Meginhlutverk fræðslunefndar er að sjá til þess að öll skólaskyld börn sem rétt eiga á skólavist njóti lögbundinnar fræðslu og fylgjast með framkvæmd náms og kennslu. Hún staðfestir áætlun um starfstíma nemenda ár hvert og fylgist með og stuðlar að því að skólum sé tryggður aðgangur að sérfræðiþjónustu. Einnig að jafnan sé fyrir hendi fullnægjandi húsnæði og annar búnaður, þar með talin útivistar- og leiksvæði nemenda svo vitnað sé í 6. gr grunnskólalaga frá 2008. Fulltrúar skólastjórnenda, kennara og foreldra auk fulltrúa frá Norðurþingi hafa seturétt í nefndinni með málfrelsi og tillögurétt.

Skólaráð er samráðsvettvangur skólastjóra og skólasamfélags um skólahald. Skólaráð tekur þátt í stefnumörkun fyrir skólann og mótun sérkenna hans. Skólaráð fjallar um skólanámskrá og áætlanir um skólastarfið og skal vera umsagnaraðili um fyrirhugaðar meiriháttar breytingar á skólahaldi. Einnig er í hlutverki skólaráðs að fylgast með aðbúnaði og velferð nemenda og funda a.m.k. einu sinni á ári með nemendaráði. Skólastjóri stýrir skólaráði og ber ábyrgð á stofnun þess. Ráðið skal skipað tveimur fulltrúum kennara ásamt einum fulltrúa annars starfsfólks, tveimur fulltrúum nemenda og tveimur fulltrúum foreldra. Skólaráð velur að auki einn fulltrúa grenndarsamfélags til að sitja í ráðinu eða viðbótarfulltrúa úr hópi foreldra.

Foreldrafélag Hafralækjarskóla hefur það hlutverk, samkvæmt lögum um grunnskóla, að styðja skólastarfið, stuðla að velferð nemenda og efla tengsl heimila og skóla. Á aðalfundi félagsins er kosið í skólaráð til tveggja ára og störf bekkjarráða samræmd. Foreldrar utan nefnda og ráða geta komið skoðunum sínum þar að og haft áhrif á skólahaldið með þeim hætti.

Nemendaverndarráð skal samræma skipulag og framkvæmd þjónustu við nemendur varðandi heilsugæslu, námsráðgjöf og sérfræðiþjónustu. Það fjallar um sérúrræði fyrir einstaka nemendur sem þurfa aðstoð vegna fötlunar, sjúkdóms eða námslegra, félagslegra eða tilfinningalegra erfiðleika. Í nemendaverndarráði sitja: skólastjóri, hjúkrunarfræðingur, fulltrúi kennara og fulltrúi frá skólaþjónustu. Þá situr námsráðgjafi stundum fundi nemendaverndarráðs.

Stigsráð: (áður bekkjarráð) skipa tvennir foreldrar af hverju stigi, alla jafna úr 3., 6. og 9. bekk. Hlutverk stigsráða er að styðja við félagslíf í skólanum í samráði við umsjónarkennara.

Nemendafélag er starfandi við Hafralækjarskóla og vinnur það að félags-, hagsmuna- og velferðarmálum nemenda. Nemendur 7. – 10. bekkjar velja einn úr hverjum bekk til setu í stjórn félagsins en formaður félagsins er kjörinn sérstaklega. Rétt til formennsku hafa nemendur í 9. eða 10. bekk.